PBS의 단계적 폐지는 연구생태계 전반의 재설계가 필요하다는 주장이다. 이는 단순한 연구 예산 배분 방식 변경을 넘어 출연연구기관의 재정구조, 임무체계, 거버넌스 변화를 의미한다. 이 변화는 연구생태계의 패러다임 전환으로 보아야 한다.