교육부는 지역혁신중심 대학지원체계(라이즈) 추진 과정에서 예산 분배에 대한 문제를 제기하며 개편을 추진했다. 그러나 지방자치단체가 관련 사업 및 대학에 편성한 예산 내역을 제대로 공개하지 않은 사실이 확인되었다. 이는 사업의 공정성과 관련하여 문제가 제기되고 있다.