새로운 에어 포스 원은 미사일 방어와 같은 주요 보안 대책이 부족한 것으로 밝혀졌다. 뉴욕 타임스 조사에 따르면 해당 항공기는 필수적인 보안 장치를 갖추고 있지 않았다. 이는 보안상의 우려를 제기한다.