법원 회생 절차와 별도로 기업 대주주들이 자금 한계로 회사채 발행이나 기업어음 등을 부당하게 사용하여 경영권을 유지하려 했다는 혐의로 검찰 수사가 진행 중이다. 검찰은 홈플러스 대주주인 사모펀드 운용사 관계자 등에 대한 수사를 계속하고 있다. 이는 자금난 상황에서 발생하는 법적 문제와 관련이 있다.