가파도는 선사시대부터 사람이 거주했으며, 1751년에 목사 정연유가 소 방목을 허가하면서 사람이 살기 시작했다는 기록이 있다. 이 섬 역시 다른 섬들과 마찬가지로 약탈이나 공도 정책 등으로 인해 역사가 단절되기도 했다. 선사시대 고인돌 유적 등이 남아 있어 가파도의 오랜 역사를 짐작할 수 있다.