경찰이 장윤기를 일반 살인 혐의로 검찰에 송치할 때 '성범죄 목적 살인' 혐의 적용을 검토한 근거 보고서를 제출했다는 주장이 제기되었다. 이로 인해 경찰의 수사 과정에서 검찰이 보안수사권을 이유로 부실 수사를 하거나 봐주기 수사 프레임을 적용했을 수 있다는 의심이 발생하고 있다. 이러한 상황은 검찰의 수사 착수 판단 과정에 대한 비판을 불러일으키고 있다.