교육재정교부금 개편안을 두고 교육부와 기획처 사이에 이견이 발생했다. 교육부는 개편으로 인해 내년 교부금이 약 20조원 감소할 것으로 예상하여 차액 보전을 법에 명시할 것을 요구했다. 현재 이들은 미래대응기금 사용처 문제 등에서 충돌하고 있다.