정부의 지방교육재정교부금 개편으로 시도교육청의 재정 운용 자율성이 줄어들었다. 교부금 증가폭이 제한되면서 교육청이 자율적으로 운용할 수 있는 재정 여력이 줄어들었다. 이로 인해 지방교육자치가 축소될 수 있다는 우려가 제기되고 있다.