농산물 온라인 도매시장의 거래 대부분이 지정거래로 이루어지고 있다는 지적이 제기되고 있다. 정부가 자금을 투입하여 구축한 이 시장에 대한 장부 정리 논란이 있다. 실제 거래의 95% 이상이 판매를 통해 이루어지고 있다.