대학 설립 필수 요건인 부지 소유권 확보 여부와 관련하여 국립순천대가 국립목포대를 제치고 국립의대 신설 후보 대학으로 선정된 과정에 대한 의혹이 경찰 수사로 이어졌다. 목포시민단체에 따르면, 의대 부지를 확보한 목포대보다 순천대에 더 높은 점수 또는 동등한 점수를 준 심사위원이 전체 8명 중 5명으로 나타났다. 이 과정에서 공모 등의 의혹이 제기되었다.