경찰은 장윤기 부실 수사 및 수사 무마 의혹을 조사하기 위해 특별수사단을 구성하여 진상 규명에 착수했다. 이 과정에서 수사 주체가 광주경찰청 전담팀에서 경찰청 특별수사단으로 격상되었다. 이는 장윤기 사건과 관련하여 경찰 내부의 위기감이 반영된 조치이다.