제주4·3평화재단은 자료 관리, 시설 안전, 예산 및 계약, 장학사업, 인사 등 기관 운영 전반에서 허점을 보였다. 제주도감사위원회는 2025년 제주4·3평화재단에 대해 총 26건의 감사 결과를 공개했다. 이 감사 결과에는 모범사례 1건을 제외한 다수의 지적이 포함되었다.