국가수사본부는 장윤기의 살인 사건과 성폭행 사건을 분리하여 수사하도록 지시했다는 증언이 나왔다. 이 정보는 장윤기 사건을 수사하고 지원한 경찰 관계자들에 의해 밝혀졌다. 해당 형사들은 장윤기가 이채원 양을 살해한 후 그를 체포하는 과정에서 베트남인 동료를 성폭행한 사건을 분리하여 수사했다고 언급했다.