검찰청은 장윤기 여고생 살인 사건 당시 수사 지휘 라인에 있던 경찰청 국가수사본부를 압수수색했다. 경찰청 특별수사단은 해당 사건의 진상 규명을 위해 국가수사본부 강력범죄수사과 등을 대상으로 압수수색을 진행하고 있다. 이는 장윤기 사건 수사 과정에 대한 전반적인 보고를 확보하기 위함이다.