검경 합동수사본부는 투표용지 부족 사태 수사 중 중앙선거관리위원회의 투표율 허위 입력 정황을 발견하고 강제 수사에 착수했다. 이는 선관위 직원들의 전산 조작 정황이 포착된 첫 사례이다. 이에 따라 검경 합수본은 중앙선관위와 서울 송파·강남·서초구 선관위 등을 압수수색하고 있다.