제주특별자치도는 최근 5년간 집행하지 않은 FTA기금 집행 잔액을 반납하지 않아 정부로부터 페널티를 받을 위기에 처했다. 해당 기금은 감귤농가의 시설 현대화 및 고품질 감귤 생산을 위한 사업에 보조 목적으로 지급되었다.제주특별자치도는 이 기금의 집행 잔액을 반납해야 하는 의무가 있다.