검찰개혁 법안에 공소기각 관련 조항 삽입 논란이 발생했다. 이는 검찰 보완수사권 전면 폐지를 골자로 하는 형사소송법 개정안에 법원의 공소기각 사유를 확대하는 조항을 포함시킨 데 따른 것이다. 이로 인해 해당 법안의 내용에 대한 논란이 제기되고 있다.