교육부가 혐오·차별 대응 가이드북 제작 시 교육청의 의견으로 인해 성소수자 관련 내용을 제외했다는 태도를 보였다. 일부 교육청이 기존 답변 내용을 변경해 달라고 요구하면서 사실이 확인되었다. 교육부가 성소수자 내용 제외 직전에 교육청에 의견 수렴을 진행하여 특정 답변을 유도했는지에 대한 의혹이 제기되었다.