검찰청이 폐지되고 공소청이 출범함에 따라 직접수사를 담당하던 인지·합동수사 부서가 폐지된다. 대신 불송치 사건을 전담 검토하는 사법통제부가 신설된다. 또한 특별사법경찰관을 지도·조언하는 전담부서가 새로 생긴다.